Su primer club fue el Montevideo Wanderers F. C. de la Primera División de Uruguay, equipo en el que jugó entre 1999 y 2002. Entre 2003 y 2004 militó en Nacional, para acabar regresando al Wanderers en 2005. En 2005, fue traspasado al Rosenborg Ballklub de la Tippeligaen de Noruega, equipo que lo cedió al Hammarby IF de la Allsvenskan sueca para la parte final de la campaña. El 5 de diciembre de 2006, firmó un contrato de tres años con el Hammarby. El 30 de enero de 2008, fue cedido al Villarreal C. F. de la Primera División de España hasta final de temporada.2 En julio de 2008, el club castellonense se hizo con el jugador en propiedad y, hasta 2010, fue un fijo en el equipo del Villarreal, siendo la pareja habitual de Marcos Senna en el centro del campo. Eguren acabó siendo cedido al AIK Estocolmo, donde buscaba minutos de juego para poder disputar la Copa Mundial de Fútbol de 2010. El 23 de mayo de 2010, el Villarreal comunicó a Eguren que no contaría con sus servicios una vez finalizada su cesión en el fútbol sueco. En el mes de julio, se anunció su fichaje por el Real Sporting de Gijón para las siguientes tres temporadas. Sin embargo, tras el descenso del equipo a Segunda División en la temporada 2011/12, rescindió su contrato con la entidad y fichó por el Club Libertad de Paraguay. El 16 de diciembre de 2012 se proclamó campeón del Torneo Clausura.
El 5 de julio de 2013 se hizo oficial su incorporación al S. E. Palmeiras, equipo con el que se proclamó campeón de la Serie B en 2013 y consiguió el ascenso a la Serie A. Tras concluir su contrato con el club brasileño, el Montevideo Wanderers anunció el 27 de enero de 2015 un acuerdo para incorporarlo a su plantilla; a pesar de ello, días más tarde se desvinculó de la entidad uruguaya y el 13 de febrero firmó un contrato con el Sabalero.
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